José Alberto Mujica Cordano vio la luz por primera vez el 20 de mayo de 1935 en Montevideo, la capital uruguaya. Sus raíces se hundían en la humildad; su padre, Demetrio Mujica, de ascendencia vasca, era un pequeño agricultor que falleció tempranamente, cuando José contaba apenas ocho años, dejando a su madre, Lucy Cordano, de origen ligur y también dedicada a la floricultura, al frente de la familia. Esta temprana pérdida y el ejemplo de una madre trabajadora en el campo marcarían sus primeros años.
Su educación formal transcurrió en instituciones públicas, donde cursó los estudios primarios y secundarios. Desde joven, desarrolló una voraz pasión por la lectura, que abarcaba un amplio espectro de temas como la historia, la biología y la literatura. Esta avidez lectora se complementó con una formación humanística que, según algunas fuentes, se vio reforzada por el convulso contexto sociopolítico de la época y la poderosa influencia de la Revolución Cubana, un evento que definiría a toda una generación de jóvenes en América Latina.
En el ámbito político, una de las primeras influencias notables fue la de su tío materno, Ángel Cordano, un militante nacionalista. Sería a través de su madre, también militante del mismo sector que el entonces diputado nacionalista Enrique Erro, que Mujica conocería a este último en 1956. Este encuentro fue decisivo, pues marcó el inicio de su militancia formal en las filas del tradicional Partido Nacional, donde llegó a ocupar el cargo de secretario general de la Juventud del partido. Cuando Erro fue designado Ministro de Trabajo en 1958, tras el primer triunfo del herrerismo, Mujica lo acompañó de cerca, aunque sin llegar a ser funcionario ministerial. Esta primera incursión en la política partidaria tradicional sería, sin embargo, el preludio de un viraje ideológico mucho más radical.