Las condiciones de encarcelamiento a las que fue sometido José Mujica como rehén de la dictadura fueron de una dureza extrema, diseñadas no solo para neutralizarlo físicamente, sino para quebrantar su resistencia psicológica. Sufrió torturas físicas y psicológicas sistemáticas. Él mismo ha relatado episodios de particular crueldad, como haber permanecido durante seis meses atado con alambre, con las manos esposadas a la espalda, obligado a sentarse en un pequeño banquito en un oscuro calabozo del cuartel de Minas.
El aislamiento fue otra constante de su presidio. Pasó largos períodos en confinamiento solitario total, recluido en celdas diminutas, a veces en aljibes subterráneos o cajas de hormigón, privadas de luz y ventilación adecuadas. Durante casi siete de sus casi quince años de prisión, se le negó el acceso a libros o cualquier material de lectura. Además, junto con los otros rehenes, fue sometido a un régimen de traslados constantes e impredecibles entre diferentes cuarteles militares a lo largo del país, una táctica destinada a aumentar la desorientación y la angustia.
En medio de esta desolación, Mujica desarrolló estrategias de supervivencia insólitas. Para no perder la cordura en la soledad más absoluta, relató cómo llegó a domesticar ranas y a alimentar ratones que encontraba en su celda, estableciendo una suerte de vínculo con los únicos seres vivos con los que tenía contacto. Observaba con detenimiento el comportamiento de arañas y hormigas, que se convirtieron en su única compañía y ventana a la naturaleza durante largos períodos de aislamiento. A pesar de la brutalidad del régimen carcelario, testimonios indican que logró sobrevivir gracias a una formidable fortaleza interior y a un incólume sentido del humor.