Las influencias ideológicas en el pensamiento de José Mujica son diversas y complejas, reflejando su propia evolución personal y política. En su juventud, su militancia en el Movimiento de Liberación Nacional-Tupamaros lo vinculó claramente con las corrientes de la izquierda revolucionaria latinoamericana de los años 60 y 70, fuertemente inspiradas por la Revolución Cubana y las teorías marxistas-leninistas adaptadas al contexto regional. La idea de la lucha armada como vía para la toma del poder y la construcción de una sociedad socialista fue central en esta etapa.
Sin embargo, su largo período de encarcelamiento y las posteriores reflexiones lo llevaron a una evolución significativa. Si bien nunca renegó de sus ideales de justicia social, su pensamiento se fue nutriendo de otras fuentes. Él mismo se ha identificado filosóficamente con el estoicismo, una corriente filosófica antigua que promueve la virtud, la razón, la aceptación del destino y la vida en armonía con la naturaleza, valorando la sobriedad y el desapego de los bienes materiales. Esta influencia estoica es evidente en su discurso sobre la austeridad, la crítica al consumismo y la importancia de la libertad interior.
También ha expresado una afinidad con el panteísmo, una visión que identifica a la divinidad con el universo y la naturaleza. Esta conexión con la naturaleza, forjada en parte durante su aislamiento en prisión, se refleja en su preocupación por el medio ambiente y su crítica a un modelo de desarrollo que lo destruye.
Aunque algunos lo han calificado de marxista, él mismo ha matizado esta etiqueta, señalando que el estoicismo es mucho más antiguo. Su pensamiento parece integrar elementos del socialismo humanista, un cierto anarquismo en su desconfianza hacia el poder concentrado y las jerarquías, y un profundo pragmatismo forjado en la experiencia política real. En sus últimos años, se mostró más como un «socialdemócrata radical» o un «izquierdista heterodoxo», que combinaba idealismo con un realismo a veces crudo, sin renunciar a sus convicciones de justicia social pero adaptándolas a las complejidades de la gobernanza democrática. Citó a pensadores como Epicuro y Séneca, así como a los aymaras, al hablar de la pobreza y la necesidad.