A pesar de los logros en políticas sociales y su notable proyección internacional, la presidencia de José Mujica no estuvo exenta de importantes desafíos, limitaciones en la gestión y críticas provenientes de diversos sectores de la sociedad uruguaya y de analistas políticos.
- Seguridad Pública: Uno de los frentes más criticados fue el de la seguridad ciudadana. Durante su mandato, se percibió un aumento en ciertos tipos de delitos, como robos y asaltos violentos, lo que generó preocupación en la población y llevó a que opositores y algunos sectores de la opinión pública calificaran su política de seguridad como blanda o ingenua, erosionando parte de su popularidad, especialmente en las clases medias.
- Educación: El propio Mujica reconoció que la educación fue una de sus «grandes deudas» y uno de los «fracasos más importantes» de su gobierno. A pesar de su énfasis discursivo en la importancia de este sector, no se lograron las reformas estructurales profundas que se habían anunciado. Persistieron problemas crónicos como las bajas tasas de egreso en la educación secundaria, deficiencias en la infraestructura de muchos centros educativos y una relación a menudo conflictiva con los poderosos gremios docentes.
- Gestión Económica y Fiscal: Como se analizó previamente, a pesar del crecimiento económico y la reducción de la pobreza, la gestión de Mujica se caracterizó por un aumento considerable del gasto público y del déficit fiscal, que alcanzó niveles preocupantes. La inflación también se mantuvo persistentemente por encima de las metas oficiales. Estas cifras generaron críticas por un supuesto «despilfarro» y por la falta de reformas estructurales en áreas clave como la infraestructura, que el propio Mujica admitió como un fracaso.
- Proyectos Fallidos o Controversiales: Algunos proyectos de inversión impulsados o debatidos durante su gobierno terminaron siendo fallidos o generaron gran controversia. Entre ellos se cuentan el cierre de la aerolínea estatal PLUNA y la polémica venta de sus activos, que involucró a altos funcionarios; el proyecto de la planta regasificadora Gas Sayago, que finalmente no entró en funcionamiento y ocasionó pérdidas de fondos públicos; y el resistido proyecto de megaminería de hierro a cielo abierto de Aratirí, que finalmente no se concretó. También se mencionó el intento de respaldo a la aerolínea Alas U, gestionada por extrabajadores de PLUNA, que no logró sostenerse en el tiempo.
- Ley de Caducidad de la Pretensión Punitiva del Estado: Una de las decisiones más controvertidas de su mandato fue su postura contraria a la anulación de la Ley de Caducidad, una norma que impedía el juzgamiento de los crímenes cometidos durante la dictadura cívico-militar. Mujica argumentó que su anulación podría reabrir viejas heridas y poner en riesgo la estabilidad institucional, pero esta posición fue duramente criticada por organizaciones de derechos humanos y por sectores dentro del propio Frente Amplio que abogaban por la verdad y la justicia plenas.
- Estilo Franco y Comentarios Polémicos: Su característico estilo directo y su lenguaje coloquial, si bien apreciados por muchos como signo de autenticidad, en ocasiones le generaron problemas diplomáticos o controversias públicas, como el ya mencionado comentario sobre la presidenta argentina Cristina Kirchner.
- Percepción Pública en Uruguay: A pesar de gozar de una alta popularidad al dejar el cargo (cifras cercanas al 70% de aprobación), su legado dentro de Uruguay no estuvo exento de controversias y generó opiniones divididas. Una parte de la población nunca le perdonó su pasado guerrillero, mientras que otros criticaban que, contando con mayorías parlamentarias, no hubiera logrado mayores avances en cuestiones tangibles como la educación o la seguridad. Diversas encuestas de opinión pública realizadas hacia el final de su mandato o poco después, como las de la consultora CIFRA, mostraban que su figura personal era consistentemente mejor valorada que su gestión como presidente, sugiriendo que «la persona era mejor vista que su obra».