Los casi quince años de prisión en condiciones extremas, el aislamiento prolongado y las torturas sistemáticas dejaron profundas cicatrices, tanto físicas como psicológicas, en José Mujica. Las secuelas físicas de los seis balazos recibidos en 1970 se sumaron a los padecimientos derivados del maltrato en cautiverio. Sin embargo, fueron las heridas invisibles, las psicológicas, las que quizás tuvieron un impacto más duradero y complejo.
Durante su encierro, especialmente en los períodos de aislamiento más severo, Mujica experimentó serios problemas de salud mental. Se ha documentado que sufrió alucinaciones auditivas y episodios de paranoia, consecuencias directas de la privación sensorial y la tortura psicológica a la que fue sometido. Él mismo confesó haber contraído «el vicio de la misantropía, de hablar conmigo mismo» como una forma de autodefensa psicológica, un mecanismo para no perder el juicio en la inmensidad de la soledad. Esta costumbre, forjada en la adversidad extrema, se le quedó incorporada, transformándose en una característica de su personalidad.
A pesar de la magnitud del trauma vivido, la narrativa de Mujica sobre este período también está marcada por una asombrosa capacidad de resiliencia. Su supervivencia no fue meramente pasiva; implicó una lucha interna constante por preservar su humanidad y su cordura. Las «cicatrices» de la prisión, por lo tanto, no son solo testimonio del horror, sino también de la capacidad del ser humano para resistir y encontrar sentido incluso en las circunstancias más inhumanas.