La última captura de José Mujica se produjo en 1972, marcando el inicio de un largo y brutal período de encarcelamiento que se extendería por casi quince años, hasta su liberación en marzo de 1985 con la restauración de la democracia en Uruguay. Tras el golpe de Estado cívico-militar de junio de 1973, su situación se tornó aún más precaria. Mujica fue uno de los nueve principales dirigentes del Movimiento de Liberación Nacional-Tupamaros que la dictadura seleccionó para ser mantenidos como «rehenes». Esta ominosa condición, que se prolongó durante once años, implicaba una amenaza explícita y constante: serían ejecutados sumariamente si el MLN-T reanudaba sus acciones armadas. Entre los otros líderes tupamaros sometidos a este régimen se encontraban figuras emblemáticas como Eleuterio Fernández Huidobro, quien años más tarde sería Ministro de Defensa Nacional, y Raúl Sendic, fundador e ideólogo del movimiento.
Es crucial subrayar que, durante este período, Mujica y sus compañeros rehenes estuvieron encarcelados en un limbo legal absoluto. No fueron sometidos a juicio ni se les formularon cargos formales; su detención era, a todos los efectos, extrajudicial y podía considerarse un secuestro perpetrado por el aparato militar del Estado dictatorial. Esta arbitrariedad y la constante punición psicológica de ser una pieza de cambio en un macabro juego de amenazas definieron la naturaleza de su cautiverio.